El 28 de mayo de 1872 fue promulgada la ley n.° 1875, sancionada 8 días antes, por la que se mandó fundar Villa Hernandarias:

Art. 1 ° Eríjanse dos Villas, una sobre la costa del Rio Uruguay, á inmediaciones del arroyo Mocoretá y otra sobre el Rio Paraná, á inmediaciones de la boca del arroyo de Hernandarias, y en los parajes que presenten las mejores condiciones topográficas é HIGIÉNICAS, denominándose «Villa Libertad» la primera, y «Villa Hernandarias» la segunda.
Art. 2. Destínase un área de cuatro leguas cuadradas para la fundación de cada Villa y su respectivo Ejido…

El 13 de marzo de 1937 fue declarada municipio con junta de fomento, expresando el decreto:

Art. 1.° Declárese Municipio con derecho a tener junta de fomento a la población denominada Villa Hernandarias, sita en el distrito Antonio Tomás del departamento Paraná.
Art. 2.° Se establecen los limites Jurisdiccionales:
Al Nor-este: Línea que separa la colonia Hernandarias con campo suseción de don Félix Rojas y Arroyo Hernandarias.
Sur: Calle que parte de la chacra Nº 30 hasta dar con la número 171, luego calle que es limite sur de las chacras Nº 170 y 171, y siguiendo, otra calle que va desde la chacra numero 185 hasta dar con la Nº 268, luego una calle que es limite sur de las chacras Nº 267 y 268, y de allí, otra calle que va a dar hasta el limite de la colonia Hernandarias con propiedad de Don Valerio Suárez.
Nor-Oeste: El río Paraná.
Sur-Oeste: Línea divisoria con propiedades de Juan y Valerio Suárez que va desde la chacra Nº 347 hasta dar con el río Paraná.

Mediante el decreto provincial n.° 2478/2007 MGJEOySP del 24 de mayo de 2007, Villa Hernandarias fue declarada ciudad y municipio de 1° categoría. Ese decreto fue modificado mediante el decreto Nº 3638/2007 MGJEOySP del 13 de julio de 2007 para tomar el nombre de Ciudad de Villa Hernandarias en lugar del de Ciudad de Hernandarias que se le asignaba.